نانومچ در هر سال طی فراخوان‌هایی اقدام به دریافت طرح‌های متقاضیان می‌نماید. این فراخوان‌­ها از طریق وب‌سایت و کانال برنامه به اطلاع مخاطبان برنامه می­‌رسند.

هر متقاضی برای ثبت طرح خود باید به قسمت ثبت طرح در وب‌سایت نانومچ مراجعه کند.

پس از ثبت‌­نام اولیه شخص (حقیقی/حقوقی) و دریافت شناسه کاربری و کلمه عبور، متقاضی امکان ورود به سامانه ثبت طرح را خواهد داشت.

در این سامانه اطلاعاتی در رابطه با طرح موردنظر از کاربر خواسته می‌­شود. دقت و صحت اطلاعات بارگذاری شده نقشی اساسی در فرآیند ارزیابی و پذیرش طرح‌ها خواهد داشت. پس از ثبت نهایی اطلاعات توسط کاربر، پرونده مربوطه به دبیرخانه برنامه ارسال می‌­شود.

برحسب اولویت زمانی دریافت طرح‌ها، هر یک از پرونده‌­های دریافتی مورد بررسی ساختاری قرار می‌­گیرد. در مواردی که اطلاعات دریافتی در قالب خواسته شده نمی‌­باشد، پرونده مربوطه به کاربر ارجاع داده می­‌شود تا در مدت زمان مشخصی اقدام به تکمیل اطلاعات نماید.

پس از بررسی ساختاری، طرح‌ها جهت ارزیابی به داوران برنامه ارسال می‌­شوند. درخواست‌های دریافتی بر اساس شاخصه‌های مختلفی از جمله اقتصادی و بازار، نوآوری، فنی و نانومقیاس ارزیابی می‌شوند. در صورت نیاز به اطلاعات تکمیلی داوران اقدام به تماس با متقاضیان می‌­نمایند.

مدت زمان بررسی هر طرح با طرح دیگر متفاوت است. پس از اتمام ارزیابی‌­ها، نتایج از طریق سامانه پرتال به اطلاع ثبت نام کنندگان می‌رسد.

بر اساس نتایج حاصله از داوری، تعدادی از طرح‌ها که امتیازات لازم را کسب نموده‌­اند به جلسه مصاحبه حضوری دعوت می­‌شوند. در این جلسه هر متقاضی به ارائه طرح خویش خواهد پرداخت. از معیارهای مهم ارزیابی در جلسه داوری، تیم فناور است.

پس از جلسات مصاحبه حضوری، هر طرح بصورت مجزا در واحد طرح‌های نوآورانه ستاد نانو بررسی می­‌شود و در نهایت نتایج بررسی‌­ها به فناوران و شرکت‌­های حاضر شده در جلسه اعلام می‌­شود. طرح‌هایی در این برنامه پذیرفته می‌شوند که مطابق با معیارهای برنامه باشند.

طرح­‌هایی که پذیرفته می­‌شوند وارد برنامه شده و باتوجه به سطح هر طرح، امکان بهره‌­مندی از خدمات برنامه را خواهند داشت. مدت زمان حضور هر طرح در برنامه وابسته به همکاری متقاضی بوده و پذیرش طرح‌­ها هرگز به معنای ماندگاری بلندمدت آنها در برنامه نمی‌­باشد.