برنامه طرحهای نوآورانه بصورت پیوسته در طول سال در حال دریافت طرحهای فناوران میباشد. فناوران با ورود به سامانه اختصاصی دریافت طرحها بر روی سایت برنامه طرحهای نوآورانه، پس از واردکردن اطلاعات کاربری میتوانند طرح خویش را در صفحه اختصاصی خود بارگذاری نمایند. متقاضیان با مراجعه به قسمت "ثبت طرح" در وبسایت رسمی برنامه، پس از وارد نمودن اطلاعات اولیه خود، اقدام به دریافت نام کاربری و کلمه عبور مینمایند. آن دسته از افراد و شرکتهایی که پیشتر عضو ستاد نانو بوده و نام کاربری و کلمه عبور دریافت کردهاند لازم است از همان اطلاعات استفاده نمایند و نیازی به ثبت نام اولیه ندارند.

پس از ثبت نام اولیه شخص (حقیقی/حقوقی) و دریافت شناسه کاربری و کلمه عبور، متقاضی امکان ورود به سامانه ثبتنام طرح را خواهد داشت. در این سامانه اطلاعاتی در رابطه با طرح مورد نظر از کاربر خواسته میشود. دقت و صحت اطلاعات بارگذاری شده نقشی اساسی در فرآیند ارزیابی و پذیرش طرحها خواهد داشت.

پس از ثبت نهایی اطلاعات توسط کاربر، پرونده مربوطه به دبیرخانه واحد طرحهای نوآورانه ستاد نانو ارسال میشود. در این مرحله بر حسب اولویت زمانی دریافت طرحها، هر یک از پروندههای دریافتی مورد بررسی شکلی و ساختاری قرار میگیرد (بررسی ساختاری). در مواردی که اطلاعات دریافتی در شکل و فرمت خواسته شده نمیباشد، پرونده مربوطه به کاربر ارجاع داده میشود تا در مدت زمان مشخصی اقدام به تکمیل اطلاعات نماید. بدیهی است متقاضیانی که اطلاعات خواسته شده را در بازه زمانی معین ارسال ننمایند از برنامه روند بررسی برنامه خارج خواهند شد. پس از بررسی ساختاری، طرحها جهت ارزیابی به داوران برنامه ارسال میشوند. در این مرحله طرحها در چهار جنبه فنی، نانویی بودن، نوآوری و تجاری مورد بررسی قرار میگیرند. در صورت نیاز به اطلاعات تکمیلی داوران اقدام به تماس با متقاضیان مینمایند. همکاری شرکتها و فناوران با داوران نقش اساسی در نتایج ارزیابیها خواهد داشت. بر اساس نتایج حاصله از داوری، تعدادی از طرحها در این مرحله از فرآیند بررسی برنامه خارجی میشوند و تعدادی دیگر که امتیازات لازم را کسب نمودهاند به جلسه مصاحبه حضوری دعوت میشوند.

در جلسه مصاحبه حضوری هر متقاضی به ارائه طرح خویش خواهد پرداخت. برای هر طرح 90 دقیقه اختصاص داده میشود که 15 دقیقه از آن مربوط به ارائه متقاضی خواهد بود و مابقی پرسش و پاسخ. در این جلسه طرح بصورت کامل از لحاظ اقتصادی، بازار، فنی، نانویی بودن و نوآوری مورد بررسی قرار میگیرد و لازم است متقاضی با آمادگی کامل در این جلسه حضور یابد تا بتواند به سولات داوران پاسخ دهد. پس از جلسات مصاحبه حضوری، هر طرح بصورت مجزا در واحد طرحهای نوآورانه ستاد نانو بررسی میشود و در نهایت نتایج بررسیها به فناوران و شرکتهای حاضر شده در جلسه مصاحبه حضوری اعلام میشود. در این مرحله تعدادی طرح پذیرفته شده و مابقی از روال بررسی برنامه خارج میشوند. طرحهایی که پذیرفته میشوند وارد برنامه میشوند. مدت زمان حضور هر طرح در برنامه وابسته به همکاری متقاضی بوده و پذیرش طرحها هرگز به معنای ماندگاری بلندمدت آنها در برنامه نمیباشد. طرحهایی در این برنامه پذیرفته میشوند که نمونه اولیهای از آنها ساخته شده باشد ، مبتنی بر نیاز صنعت باشد، مشابه داخلی نداشته باشد و یا در صورت وجود مشابه، بهبود کیفیت و یا خواص و یا جهش اقتصادی نسبت به آن داشته باشد. انطباق محصول با تعاریف نانو نیز از دیگر شاخصههای مهم در پذیرش طرحها است.