نانومچ در طول سال به‌صورت مستمر در حال دریافت طرح‌های فناوران است. فناوران با ورود به سامانه اختصاصی دریافت طرح‌ها بر روی سایت برنامه طرح‌های نوآورانه، پس از وارد نمودن اطلاعات کاربری، می‌توانند طرح خویش را در صفحه اختصاصی خود بارگذاری نمایند. متقاضیان با مراجعه به قسمت "ثبت طرح" در وب‌سایت رسمی برنامه، پس از وارد نمودن اطلاعات اولیه خود، اقدام به دریافت نام کاربری و کلمه عبور می‌نمایند. آن دسته از افراد و شرکت‌هایی که پیشتر عضو ستاد نانو بوده و نام کاربری و کلمه عبور دریافت نموده‌اند لازم است از همان اطلاعات استفاده نمایند و نیازی به ثبت‌نام اولیه ندارند.

پس از ثبت‌نام اولیه شخص (حقیقی/حقوقی) و دریافت شناسه کاربری و کلمه عبور، متقاضی امکان ورود به سامانه ثبت‌نام طرح را خواهد داشت. در این سامانه اطلاعاتی در رابطه با طرح مورد نظر از کاربر درخواست می‌شود. دقت و صحت اطلاعات بارگذاری شده، نقش اساسی در فرآیند ارزیابی و پذیرش طرح‌ها خواهد داشت.

پس از ثبت نهایی اطلاعات توسط کاربر، پرونده مربوطه به دبیرخانه نانومچ ارسال می‌شود. در این مرحله، بر حسب اولویت زمانی دریافت طرح‌ها، هر یک از پرونده‌های دریافتی مورد بررسی شکلی و ساختاری قرار می‌گیرد. در مواردی که اطلاعات دریافتی از شکل و فرمت درخواستی تبعیت نداشته باشد، پرونده مربوطه به کاربر ارجاع داده می‌شود تا در مدت‌زمان مشخصی اقدام به تکمیل اطلاعات نماید. بدیهی است متقاضیانی که اطلاعات خواسته شده را در بازه زمانی معین ارسال ننمایند، از روند بررسی برنامه خارج خواهند شد. پس از بررسی ساختاری، طرح‌ها جهت ارزیابی به داوران برنامه ارسال می‌شوند. در این مرحله، طرح‌ها در چهار جنبه فنی، نانویی بودن، نوآوری و تجاری مورد بررسی قرار می‌گیرند. در صورت نیاز به اطلاعات تکمیلی، داوران اقدام به تماس با متقاضیان می‌نمایند. همکاری شرکت‌ها و فناوران با داوران، نقش اساسی در نتایج ارزیابی‌ها خواهد داشت. در این مرحله بر اساس نتایج حاصله از داوری، تعدادی از طرح‌ها از فرآیند بررسی برنامه خارج می‌شوند و مواردی که امتیازات لازم را کسب نموده‌اند، به جلسه مصاحبه حضوری دعوت می‌شوند.

در جلسه مصاحبه حضوری، هر متقاضی به ارائه طرح خویش خواهد پرداخت. برای هر طرح، ۹۰ دقیقه اختصاص داده می‌شود که ۱۵ دقیقه از آن، مربوط به ارائه متقاضی و مابقی به پرسش و پاسخ اختصاص خواهد داشت. در این جلسه، طرح به‌صورت کامل از لحاظ اقتصادی، بازار، فنی، نانویی بودن و نوآوری، مورد بررسی قرار می‌گیرد و لازم است متقاضی با آمادگی کامل در این جلسه حضور یابد، تا بتواند به سؤالات داوران پاسخ دهد. پس از جلسات مصاحبه حضوری، هر طرح به‌صورت مجزا در واحد طرح‌های نوآورانه ستاد نانو بررسی می‌شود و در نهایت نتایج بررسی‌ها به فناوران و شرکت‌های حاضر شده در جلسه مصاحبه حضوری اعلام می‌شود. در این مرحله، تعدادی طرح پذیرفته شده و مابقی از روال بررسی برنامه خارج می‌شوند. طرح‌هایی که پذیرفته می‌شوند، وارد برنامه می‌شوند. مدت‌زمان حضور هر طرح در برنامه، وابسته به همکاری متقاضی بوده و پذیرش طرح‌ها هرگز به معنای ماندگاری بلندمدت آن‌ها در برنامه نیست. طرح‌هایی در این برنامه پذیرفته می‌شوند که نمونه اولیه‌ای از آن‌ها ساخته شده باشد، مبتنی بر نیاز صنعت باشد، مشابه داخلی نداشته باشد و یا در صورت وجود مشابه، بهبود کیفیت و یا خواص و یا جهش اقتصادی نسبت به آن داشته باشد. انطباق محصول با تعاریف نانو نیز از دیگر شاخصه‌های مهم در پذیرش طرح‌ها است.